Dos horas después, el hombre que había sido electo en tres ocasiones presidente constitucional de Argentina experimenta otra crisis similar. En esa especie de sala de terapia intensiva que se había montado en la residencia presidencial, el equipo de médicos que lo atiende intenta reanimarlo durante una hora, pero no lo consigue.
A las 13.15, Cossio y Taiana, junto con los doctores Domingo Liotta y Pedro Vázquez, firman el certificado de defunción, en el cual se consigna que el paciente muere a causa de "una cardiopatía isquémica crónica con insuficiencia cardíaca". "Ha muerto un apóstol de la paz y la no violencia", anunció con voz entrecortada por televisión Isabel, la mujer que desde ese día gobernará el país hasta el 24 de marzo de 1976, cuando un golpe cívico militar la derroque.
El cuerpo de Perón es trasladado a la Catedral Metropolitana en la mañana del 2 julio, y por la tarde es conducido hasta el Congreso nacional, donde sus restos permanecen hasta el 4. La congoja popular ante la pérdida del hombre que había concedido derechos sociales y ciudadanos a los trabajadores argentinos era enorme, tanto como la incertidumbre que provocaba el vacío político que dejaba con su ausencia.