El 22 de diciembre de 2010 el Tribunal Oral Federal 1 de Córdoba lo sentenció con prisión perpetua. El 5 de julio de 2012, el Tribunal Oral Federal 6 de Capital Federal le dio una pena de 50 años de prisión en el marco del plan sistemático de apropiación de menores. El 27 de julio de 2012 fue procesado en la causa por la muerte de monseñor Enrique Ángel Angelelli, falleciendo ese mismo año, preso en la base militar de Campo de Mayo.
Con todo, su papel en la historia supera ampliamente los hechos puntuales por los que fue condenado; junto con Emilio Massera, Jorge Rafael Videla personifica la peor etapa de nuestra historia reciente, enaltecer su figura debe considerarse un delito y una afrenta a la memoria social y lastimosamente guarda sintonía con las corrientes de negacionismo y apología del genocidio que impulsan los sectores del poder económico para minar la democracia en nuestra sociedad.
Asimismo, cabe destacar que según el articulado de la ley 1412 que rige a la Comisión Provincial por la Memoria es competencia de la institución promover acuerdos de prevención y erradicación del negacionismo en organizaciones públicas y privadas, y también en medios de comunicación.
“Por todo ello como sociedad no podemos dejar pasar este tipo de hechos. A la par que exigimos el desmantelamiento de prácticas de violencia institucional en cárceles y comisarías de nuestra provincia, exigimos a las autoridades del complejo penitenciario de Sáenz Peña la investigación de esta provocación y una sanción ejemplar para los responsables”, señalaron.