Según consta en el informe público de a AGN, cuando investigaba el destino de los fondos le envió un cuestionario a la Subsecretaría de Transporte Ferroviario. En la respuesta, los subalternos de Caputo dijeron que “las problemáticas que originalmente iban a ser atendidas mediante un programa integral de modernización financiado por el BID, fueron abordadas en el marco de la emergencia, bajo la premisa de orientar el destino de los fondos públicos hacia el objetivo primordial de maximizar las inversiones y los recursos empleados para la prestación de un servicio ferroviario en condiciones de eficiencia y seguridad, que únicamente puede lograrse a través del rigorismo en la imputación presupuestaria focalizada en la seguridad operativa”. La AGN detectó que no lo hicieron.