La industria puso en discusión la carga impositiva y las condiciones de producción locales. Según Cilfa, los impuestos representan alrededor del 34% del precio de los medicamentos y la volatilidad cambiaria agrega otro elemento a la comparación internacional. Además, la entidad cuestionó la comparación con India por los subsidios aplicados en ese país.
El problema para el Gobierno es que las objeciones metodológicas no eliminan la pregunta central que surge del propio informe oficial: por qué los precios de lista de determinados medicamentos de uso habitual presentan diferencias tan amplias respecto de otros mercados. El argumento de la industria tampoco alcanza para explicar por completo las brechas que muestra el estudio de Desregulación, especialmente en medicamentos de uso masivo como la levotiroxina, la atorvastatina y la metformina.
Existen relevamientos que, aunque utilizan metodologías diferentes, encuentran diferencias importantes entre la Argentina y otros países. La Unión Argentina de Salud, a través de un estudio realizado por el Centro de Estudios para la Salud, comparó una treintena de medicamentos con España. En los productos de venta bajo receta, encontró precios argentinos superiores en 20 de los 21 casos, con un sobreprecio promedio de 292,1%. Para los medicamentos de venta libre, la Argentina fue más cara en seis de ocho comparaciones, con un sobreprecio promedio de 60,6%. En el conjunto de la muestra, el promedio fue de 228,2%, equivalente a 3,28 veces el precio español.